ভগবানপুর কেবিএস উচ্চ বিদ্যালয়ের মূল লক্ষ্য হল গ্রামীণ ও আধা-শহুরে এলাকার ছাত্র-ছাত্রীদের মানসম্মত ও আধুনিক শিক্ষার সুযোগ প্রদান করা। মানবিক মূল্যবোধ, নৈতিক চরিত্র, শৃঙ্খলা, বিজ্ঞানমনস্কতা ও সমাজসেবামূলক মনোভাবের বিকাশ ঘটিয়ে শিক্ষার্থীদের ভবিষ্যতের যোগ্য নাগরিক হিসেবে গড়ে তোলা এই বিদ্যালয়ের প্রধান উদ্দেশ্য। পাঠ্যক্রমের পাশাপাশি সহ-শিক্ষামূলক কর্মকাণ্ড, সাংস্কৃতিক বিকাশ, প্রযুক্তিগত জ্ঞান অর্জন এবং পরিবেশবান্ধব চিন্তাধারার উপর বিশেষ গুরুত্ব দেওয়া হয়। আমাদের লক্ষ্য কেবল পরীক্ষা-নির্ভর সাফল্য নয়, বরং প্রতিটি শিক্ষার্থীর সামগ্রিক ব্যক্তিত্বের বিকাশ।