ভগবানপুর কেবিএস উচ্চ বিদ্যালয়ের একাডেমিক কাউন্সিল বিদ্যালয়ের শিক্ষাগত মানোন্নয়নে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। এই কাউন্সিল পাঠ্যক্রম পরিকল্পনা, শিক্ষাবর্ষের সময়সূচি প্রস্তুতি, মূল্যায়ন পদ্ধতি নির্ধারণ, শিক্ষক-শিক্ষিকাদের দায়িত্ব বণ্টন, পরীক্ষার দায়িত্ব নির্ধারণ এবং বিভিন্ন শিক্ষামূলক কার্যক্রম পরিচালনার তদারকি করে থাকে। বিদ্যালয়ের শিক্ষার মান বজায় রাখা, নতুন শিক্ষণ-পদ্ধতি প্রয়োগ করা, প্রযুক্তি ভিত্তিক শিক্ষার প্রসার বাড়ানো এবং ছাত্র-ছাত্রীদের শিক্ষাগত অগ্রগতি নিশ্চিত করাই একাডেমিক কাউন্সিলের প্রধান দায়িত্ব।